Die Sowjetmacht betrieb nach dem Krieg eine noch härtere Repression als zuvor. Etwa 80.000 Personen wurden im Zeitraum von nur einigen Jahren nach Rußland, Sibirien und andere entfernte Gebiete der Sowjetunion deportiert. Viele von ihnen starben an unmenschlichen Transport- und Lebensbedingungen.

Anschließend brach ein 9-jähriger Partisanenkrieg aus, dem wiederum Tausende von Menschen zum Opfer fielen.

Die geschätzten Verluste an Menschenleben belaufen sich im Zeitraum von 1941-51 auf rund 35 Prozent der Gesamtbevölkerung.

Schon in den allerersten Jahren nach dem 2. Weltkrieg setze eine ungebremste Einwanderung von Russen und Angehörigen anderer sowjetischer Nationalitäten nach Litauen ein, was unausweichlich eine Sowjetisierung und Russifizierung des öffentlichen Lebens mit sich brachte. Ebenso wie im 19. Jahrhundert entstand wieder eine Gefahr für die litauische Sprache.

Im Laufe der Jahrzehnte unter der Sowjetmacht wurde die Wirtschaft und Infrastruktur des Landes weitgehend verändert: Grund und Boden wurden verstaatlicht und ins kollektive Eigentum überführt, es setzte eine Rückentwicklung des ländlichen Raumes bei gleichzeitiger Verstädterung sowie eine maßlose Industrialisierung ein. All das geschah ohne Berücksichtigung der inneren Bedürfnisse und Möglichkeiten Litauens, die wirtschaftliche Entwicklung wurde mit Methoden einer Besatzungsmacht vorangetrieben. Es entstanden hier unter anderem riesige, für das Land völlig überflüssige Schleifmaschinen- und Metallverarbeitungsbetriebe, Fabriken zur Herstellung von Rechnenanlagen, Chemie, Öl-, Mineraldüngerkombinate. Diese Industrien waren auf Lieferungen importierter Rohstoffe und Energieträger angewiesen, hier entstanden Arbeitsplätze für Tausende auswärtiger Arbeitnehmer.