Offiziell getauft wurde das Land 1387, als der zum polnischen König gekrönte litauische Großfürst Jogaila gemeinsam mit dem Großfürsten Vytautas, einem anderen Vertreter des Geschlechtes von Gediminas, das Land mit römisch-katholischen Sakramenten taufte. Mit der Person von Vytautas werden auch der Islam, zu dem sich seine Tatarenkrieger bekannten, sowie der Glaube der Karäer in Verbindung gebracht.

Das Großfürstentum Litauen gewährte Religionsfreiheit. Es wurden hier orthodoxe Kirchen, Moscheen und auch Synagogen gebaut, denn bereits im 15. Jahrhundert faßten die ersten Juden in litauischen Städten und Gemeinden Fuß.

Im 16. Jahrhundert erlebten der Calvinismus und das Lutheranertum große Verbreitung, doch im 17. Jahrhundert wurde der Katholizismus wieder zur stärksten Religion. Die meisten Reformiert-Evangelischen leben gegenwärtig in Nordlitauen, während die evangelisch-lutherische Kirche die meisten Mitgliedes im Südwesten des Landes hat.

Für den Katholizismus war insbesondere das 19. Jahrhundert schwer, als er von der russischen zaristischen Verwaltung juristisch bekämpft und verfolgt wurde. In dieser Zeit baute die russisch-orthodoxe Kirche ihren Einfluß aus, neben der auch die Kirche der russischen Altgläubigen existierte.

Die Jahre der sowjetischen Okkupation waren für die Katholiken noch schwieriger, da die totalitäre Staatsmacht einen erzwungenen Atheismus verordnete und eine Politik des "wissenschaftlichen Kommunismus" betrieb: die Kathedrale von Vilnius, die wichtigste Kirche des Landes, wurde geschlossen, der Bischof von Vilnius mußte in die Provinz gehen. Und trotzdem konnte die katholische Kirche für den Erhalt der Identität des Landes und sogar der litauischen Kultur vieles tun. Die Zeitschrift Die Chronik der litauischen katholischen Kirche, die seit 1972 bis 1988 im Untergrund gedruckt und verbreitet wurde, avancierte zum Interessenverteidiger des unterdrückten Volkes und der Kirche, sie war im Ausland gut bekannt.