Vor dem Einmarsch in Polen unterzeichnete Deutschland am 23. August 1939 mit der Sowjetunion ein geheimes Abkommen über die Einflußsphären. Dieses Dokument ist als Hitler-Stalin-Pakt (oder auch als Ribbentrop-Molotow-Pakt) bekannt. Litauen kam danach zunächst in die deutsche Einflußsphäre, doch nachdem es die Unterstützung Deutschlands beim Angriff gegen Polen abgelehnt hatte, kam Litauen nach dem zweiten geheimen Protokoll vom 27. August 1939 in die sowjetische Einflußsphäre.

Am 10. Oktober 1939 erhällt Litauen Vilnius zurück, im Inland werden aber sowjetische Militarstützpunkte errichtet.

Am 15. Juni 1940 -- zeitgleich mit dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht in Paris -- besetzt die Sowjetunion Litauen. Einige Tage später verlieren Lettland und Estland ebenfalls ihre Unabhängigkeit.

Am 14. Juni 1941 verlassen erste Güterzüge mit litauischen Staatsangehörigen unter sowjetischem Kommando das Land in Richtung Rußland und Sibirien -- in einer 24-Stunden-Aktion werden rund 35.000 Personen deportiert.

Am 22. Juni 1941 startet Deutschland den Angriff gegen die Sowjetunion, und die Wehrmacht besetzt das ganze Territorium Litauens.

Bevor die deutsche Verwaltung eingesetzt wurde, wollten litauische Politiker und Intellektuelle eine Selbstverwaltung aufbauen. Doch die neue Besatzungsmacht duldete keine parallele litauische Verwaltungsstruktur. Eine massenweise Vernichtung der jüdischen Bevölkerung setzte ein, der 200.000 Menschen zum Opfer fielen. Abertausende von Menschen wurden nach Deutschland verschleppt.