Die Stadt Kaunas verwendet Grundwasser als Rohwasser für die Trinkwasseraufbereitung und versorgt mehr als 355.000 Menschen sowie kommerzielle und industrielle Abnehmer. Das Wasser wird in den Quellfeldern in unterirdischen Sammelbecken gesammelt und mittels Pumpstationen in das Leitungsnetz eingespeist. Die Qualität des Grundwasser ist akzeptabel, abgesehen von der hohen Mangan- und Eisenkonzentrationen, die die einheimischen und internationalen Grenzwerte überschreiten. Das Rohwasser wird chloriert.

Der jährliche Wasserverbrauch in Kaunas beträgt etwa 35 Mio. m3, das entspricht 97.000 m3 pro Tag. Die Kapazität der Quellfelder reicht aus, um den derzeitigen und künftigen Gesamtbedarf zu decken. Aufgrund der Installation individueller Wasseruhren für die Privathaushalte und der sinkenden Produktion in der Industrie ist der Verbrauch in den letzten Jahren zurückgegangen.

Die Stadt Kaunas hat ein ehrgeiziges und umfassendes Programm gestartet, um ihre Abwasserklärung grundlegend zu verbessern und das Wasserversorgungs- und Abwassersystem zu erneuern. Dieses Projekt unter dem Namen Kaunas Wasser- und Umweltprojekt wird extern von der Europäischen Bank für Wiederaufbau und Entwicklung (EBRD), dem PHARE-Programm und der Nordischen Finanzierungsgesellschaft (NEFCO) sowie aus Unterstützungsfonds der Regierungen Schwedens und Finnlands finanziert.

Ein vierjähriger Partnerschaftsvertrag (für die Einführungsphase) wurde mit dem Wasserwerk Stockholm abgeschlossen, das das Wasserwerk Kaunas in dieser wichtigen Übergangsphase unterstützt und die Durchführung des Projekts erleichtert. Die Ausführung des Projekts teilt sich in zwei Phasen: die Prioritätsphase von 1995-98 und ein langfristige Phase von 1999-2013. Das Projekt umfaßt die Erneuerung und Erweiterung des Wasserversorgungs- und Abwassernetzes, die Aufwertung der Quellfelder, die Erneuerung der Zwischenverteilerstationen, ein Wassersparprogramm, eine Abwasserkläranlage und Abwasserpumpstationen.

Mit der Planung für den Bau einer modernen Abwasserkläranlage in Kaunas wurde 1990 begonnen. Ein Standort wurde ausgewählt und Entwurfseckdaten festgelegt. Zur Zeit ist die Anlage bereits im Bau. Auch vor ihrer Inbetriebnahme wird das Abwasser vor der Ableitung in einer Kläranlage behandelt, allerdings hat das Abwasser an ihrem Ablauf eine geringere Qualität, als in modernen westlichen Anlagen erreicht wird.