Die Abteilung Strategische Planung befaßt sich mit der Erstellung von mittel- und langfristigen Programmen, legt deren Prioritäten fest und überwacht ihre Durchsetzung. Daneben erstellt sie Gesetzes- und Beschlußvorlagen für die Regierung, legt Standards fest, koordiniert die Umwelterziehung und die Durchführung von wirtschaftlichen Maßnahmen, befaßt sich mit Projektsteuerung, kooperiert auf internationaler Ebene und führt Koordinationsarbeiten im europäischen Integrationsprozeß durch.

Die Abteilung für Umweltqualität stellt Emissionsgrenzwerte auf und kontrolliert sie; sie ist zuständig für die Erteilung von Genehmigungen zur Kontrolle der Abgabe von Schadstoffen und radioaktiven Substanzen in die Umwelt beauftragt. Sie überwacht die Einfuhr, den Transit, die Ausfuhr, die Verwendung und Handhabung, die Entsorgung und die Aufbereitung von chemischen und radioaktiven Gefahrstoffen und stellt Standards für radioaktive Sicherheit auf. Bei der Erarbeitung von Empfehlungen und der Vorgabe von Direktiven und Standards zur Hebung der Umweltqualität folgt Litauen den Strategien zweier wesentlicher Institutionen: der Helsinki-Kommission und der Kommission der Europäischen Gemeinschaften.

Die Abteilung für Landnutzungsplanung und Bio-Diversität organisiert und erarbeitet neue Strategien, Programme und Direktiven zur Landschaftsplanung, um die Landschaft und die biologische Vielfalt zu erhalten. Die wichtigsten bisher getroffenen Maßnahmen umfassen die Einrichtung eines Systems von geschützten Gebieten, die Durchführung von Unterhaltungs- und anderen Maßnahmen in diesen Gebieten und die Erstellung der Roten Liste (in der alle gefährdeten Arten aufgeführt sind). Das Ministerium für Umweltschutz verwaltet vier strenge Naturschutzgebiete: Cepkeliai, Kamanai, Viesvile und Zuvintas, dazu kommt der Nationalpark Kurische Nehrung mit seinen einzigartigen Dünen und 14 Regionalparks.

Das Gemeinsame Forschungszentrum (Joint Research Centre), das dem Ministerium für Umweltschutz untersteht, begann in den Jahren 1950-65 mit der ausgedehnten Überwachung der Umwelt. Es sammelt detaillierte Daten zu Umweltveränderungen, führt Umweltverträglichkeitsstudien durch und gibt den staatlichen und örtlichen Regierungsstellen Informationen und Empfehlungen zum Umweltmanagement und zum rationellen Einsatz der natürlichen Ressourcen.

Auf internationaler Ebene hat das Ministerium für Umweltschutz Abkommen zum Umweltschutz mit nahezu allen Staaten im Baltikum und einigen anderen europäischen Ländern geschlossen.

Das Ministerium für Umweltschutz ist aktiv an Aktionsprogrammen zur Durchführung von multilateralen Abkommen und Konventionen beteiligt, insbesondere der Konvention zum Umweltschutz in der Ostsee-Region (der Helsinki-Konvention). Darüber hinaus arbeitet das Ministerium aktiv mit internationalen Organisationen zusammen, wie z. B. mit dem Umweltschutzkomitee des Baltischen Ministerrats, dem WWF, dem Komitee zur Umweltpolitik und anderen Organisationen aus dem Umfeld der UN.